提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
国际舆论聚焦二十大:从新表述新理念解读中国未来发展******
(中共二十大·声音)国际舆论聚焦二十大:从新表述新理念解读中国未来发展
中新社北京10月21日电 中共二十大报告提出了一系列新表述、新理念,国际舆论对此高度关注,从报告规划的新蓝图解读中国未来发展路径。
新理念规划新未来
新加坡《联合早报》评论文章指出,二十大报告有不少新提法,包括10年来中国经历的三件大事、中心任务、“三个务必”、全过程人民民主等,同时正式提出了中国式现代化的概念。
哈萨克斯坦《实业报》总编辑谢里克·科尔茹姆巴耶夫关注到二十大报告中的新理念、新规划。他在接受中新社记者采访时表示,报告将以中国式现代化全面推进下一步发展目标和任务,相信中国将继续朝着这个目标奋进。
《巴基斯坦观察家报》认为,报告承诺中国将贯彻新发展理念,推动绿色发展与高质量发展。中国加快新能源体系建设,在应对气候变化和全球治理中发挥积极作用。
创新提振科技 “反腐”守护底色
彭博社注意到,报告关注了科技方面问题,强调以国家战略需求为导向,集聚力量进行原创性引领性科技攻关,坚决打赢关键核心技术攻坚战。
彭博社援引美国政治风险咨询公司欧亚集团分析师尼尔·托马斯(Neil Thomas)的评论称,报告对科技的关注反映出,创新已成为中国解决经济问题及摆脱对外国技术依赖的重要方案。
俄罗斯国际事务委员会总干事安德烈·科尔图诺夫接受塔斯社采访时说,中共在反腐倡廉方面大破大立,树立了同腐败行为斗争到底的正面形象,受到人民群众的欢迎和拥护。
厄瓜多尔Pressenza国际通讯社报道称,中共二十大报告呼吁对腐败、官僚主义和形式主义进行坚持不懈的斗争。
聚焦和平合作 传播中华文化
古巴拉美社关注到报告中涉及全球合作的内容,称在和平、安全、发展和全球治理面临前所未有的挑战之际,中国批评了霸权主义和暴力行为。该报道指出,二十大报告强调中国坚定奉行独立自主的和平外交政策,始终根据事情本身的是非曲直决定自己的立场和政策,维护国际关系基本准则,维护国际公平正义。
《日本经济新闻》刊文称,报告提到中国旗帜鲜明反对一切霸权主义和强权政治,毫不动摇反对任何单边主义、保护主义。
俄罗斯卫星通讯社关注报告中关于中华文明传播力影响力及中华文化传播的内容。报道称,报告强调要坚持中国特色社会主义文化发展道路,讲好中国故事、传播好中国声音,展现可信、可爱、可敬的中国形象,推动中华文化更好走向世界。(完)
(参与作者:肖玉笛、张焕迪、田冰、张硕)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)